房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)辦理土地增值稅清算時計算與清算項目有關的扣除項目金額，應根據(jù)土地增值稅暫行條例第六條及其實施細則第七條的規(guī)定執(zhí)行。除另有規(guī)定外，扣除取得土地使用權所支付的金額、房地產(chǎn)開發(fā)成本、費用及與轉讓房地產(chǎn)有關稅金，須提供合法有效憑證；不能提供合法有效憑證的，不予扣除。
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)辦理土地增值稅清算所附送的前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、開發(fā)間接費用的憑證或資料不符合清算要求或不實的，地方稅務機關可參照當?shù)亟ㄔO工程造價管理部門公布的建安造價定額資料，結合房屋結構、用途、區(qū)位等因素，核定上述四項開發(fā)成本的單位面積金額標準，并據(jù)以計算扣除。具體核定方法由省稅務機關確定。
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通訊等公共設施，按以下原則處理：
1.建成后產(chǎn)權屬于全體業(yè)主所有的，其成本、費用可以扣除；
2.建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的，其成本、費用可以扣除；
3.建成后有償轉讓的，應計算收入，并準予扣除成本、費用。
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)銷售已裝修的房屋，其裝修費用可以計入房地產(chǎn)開發(fā)成本。
房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)的預提費用，除另有規(guī)定外，不得扣除。 屬于多個房地產(chǎn)項目共同的成本費用，應按清算項目可售建筑面積占多個項目可售總建筑面積的比例或其他合理的方法，計算確定清算項目的扣除金額。