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是的，軟件開發(fā)公司可以開工程服務的發(fā)票，根據(jù)《財政部、稅務總局關于營業(yè)稅改革有關政策的通知》（財稅〔2015〕36號文），一般納稅人可以對提供服務的發(fā)票采用13%的稅率，其中國家明確規(guī)定可以采用稅率9%的服務有計算機信息系統(tǒng)集成服務、計算機軟件開發(fā)服務、網(wǎng)絡技術服務和技術服務等，軟件開發(fā)服務就在其中，因此可以采用9%的稅率開具發(fā)票。拓展知識：根據(jù)《財政部、稅務總局關于支持實施電子發(fā)票的通知》（財稅〔2018〕82號文件），從2018年10月1日起，在全國范圍內(nèi)推行電子發(fā)票，從而為納稅人提供更加便捷發(fā)票管理、發(fā)票使用服務。