《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務(wù)總局2012年第57號公告，以下簡稱57號公告）結(jié)合2008年匯總納稅政策執(zhí)行以來出現(xiàn)的問題，對原匯總納稅政策進(jìn)行了部分調(diào)整。
主要變化包括：一是明確了總、分支機(jī)構(gòu)都要進(jìn)行年度匯算清繳申報，共同參與應(yīng)補(bǔ)退稅款分配。即匯算清繳應(yīng)補(bǔ)應(yīng)退稅款按照預(yù)繳分配比例分配給總分機(jī)構(gòu)，由總分機(jī)構(gòu)分別就地辦理稅款繳庫或退庫。改變了原政策年度匯算清繳由總機(jī)構(gòu)通過中央國庫統(tǒng)一辦理補(bǔ)退稅款、分支機(jī)構(gòu)不參與就地分享的做法。
二是預(yù)繳申報及年度匯算清繳中，計算分配比例的“三因素”基數(shù)統(tǒng)一確定為各分支機(jī)構(gòu)上年度的營業(yè)收入、職工薪酬、資產(chǎn)總額。分配比例不再以1月～6月或7月～12月上下半年做區(qū)分，一個納稅年度中，原則上各分支機(jī)構(gòu)的分?jǐn)偙壤A(yù)繳與年度匯算清繳一致。
三是明確了總分機(jī)構(gòu)查補(bǔ)稅款就地入庫問題，突破了就地監(jiān)管的政策瓶頸。57號公告規(guī)定，總機(jī)構(gòu)的查補(bǔ)稅款，統(tǒng)一計算查增應(yīng)納稅所得額和應(yīng)納稅額后，按總機(jī)構(gòu)50%、各分支機(jī)構(gòu)50%入庫；分支機(jī)構(gòu)的查補(bǔ)稅款，按總機(jī)構(gòu)50%、被查的分支機(jī)構(gòu)50%入庫。
四是更加細(xì)化、規(guī)范了總分機(jī)構(gòu)日常管理及納稅申報需要報送的資料。特別明確了年度匯算清繳申報，總機(jī)構(gòu)及各分機(jī)構(gòu)報送的資料中，不僅包括年度申報表、財務(wù)報表、分配表，還需附送各分支機(jī)構(gòu)按附表三《納稅調(diào)整項(xiàng)目明細(xì)表》項(xiàng)目參與年度匯算清繳的納稅調(diào)整情況說明。
上述政策調(diào)整，對年度匯算清繳最重要的影響在于：總、分支機(jī)構(gòu)年度匯算清繳的申報出現(xiàn)變化。新政策規(guī)定，匯總納稅企業(yè)年度匯算清繳時，由總機(jī)構(gòu)匯總計算年度應(yīng)納所得稅額，扣除總、分支機(jī)構(gòu)已預(yù)繳稅款計算出的應(yīng)繳應(yīng)退稅款，按照政策規(guī)定的稅款分?jǐn)偡椒�，分別由總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)就地辦理稅款繳庫或退庫。《國家稅務(wù)總局關(guān)于明確跨地區(qū)經(jīng)營企業(yè)所得稅匯總納稅分支機(jī)構(gòu)年度納稅申報有關(guān)事項(xiàng)的公告》（國家稅務(wù)總局公告2013年第44號）進(jìn)一步明確，匯總納稅企業(yè)的分支機(jī)構(gòu)年度納稅申報，用《企業(yè)所得稅月（季）度預(yù)繳納稅申報表（A類）》填報，并同時附送《匯總納稅分支機(jī)構(gòu)分配表》。
2013年是57號公告發(fā)布后的第一個匯算清繳年度，也是匯總納稅總、分支機(jī)構(gòu)第一次按新政策進(jìn)行匯算清繳申報，需要掌握以下原則：一是總、分支機(jī)構(gòu)年度申報與預(yù)繳申報的申報方式一致；二是各分支機(jī)構(gòu)之間分?jǐn)偠惪畹姆峙浔壤�，年度納稅申報與當(dāng)年度預(yù)繳申報一致，即統(tǒng)一為上年度各分支機(jī)構(gòu)的營業(yè)收入、職工薪酬和資產(chǎn)總額三個因素計算的分配比例；三是年度匯算清繳總、分支機(jī)構(gòu)分別就地辦理稅款繳庫或退庫。
以下用國家稅務(wù)總局出臺的新表樣，實(shí)例說明匯總納稅企業(yè)總機(jī)構(gòu)及分支機(jī)構(gòu)的納稅申報。
案例：A企業(yè)為一家大型綜合性服務(wù)企業(yè)，其分別于2010年前在鄭州、合肥、貴陽設(shè)立了三家分支機(jī)構(gòu)。其中，貴陽分支機(jī)構(gòu)屬于負(fù)責(zé)聯(lián)絡(luò)的內(nèi)部輔助部門，不進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營。該企業(yè)2013年匯總后營業(yè)收入1500萬元、營業(yè)成本1020萬元、營業(yè)稅金及附加10萬元、銷售費(fèi)用80萬元、管理費(fèi)用210萬元、投資收益-100萬元、營業(yè)外收入120萬元、利潤總額210萬元，納稅調(diào)增額470萬元、納稅調(diào)減額30萬元，納稅所得額640萬元、應(yīng)納所得稅額160萬元。該企業(yè)2013年第一季度～第四季度實(shí)際已預(yù)繳所得稅60萬元（包括分支機(jī)構(gòu)的預(yù)繳稅款），A企業(yè)匯算清繳應(yīng)補(bǔ)稅款100萬元。依據(jù)政策各分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偟亩惪顬?0萬元（100×50%），A企業(yè)的三家分支機(jī)構(gòu)2012年度3項(xiàng)指標(biāo)如下：
鄭州分公司：收入260萬元、工資130萬元、資產(chǎn)300萬元；
合肥分公司：收入120萬元、工資90萬元、資產(chǎn)400萬元；
貴陽分公司：收入0萬元、工資80萬元、資產(chǎn)600萬元。
A企業(yè)2013年度匯算清繳的納稅申報填報：
1.A企業(yè)總機(jī)構(gòu)按照匯總數(shù)據(jù)填報的年度納稅申報（見表二）
2.A企業(yè)總機(jī)構(gòu)依據(jù)各分支機(jī)構(gòu)上年度的三因素填報《匯總納稅分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表》
（1）由于貴陽分支機(jī)構(gòu)屬于內(nèi)部輔助部門，屬于不進(jìn)行生產(chǎn)經(jīng)營的二級分支機(jī)構(gòu)，不參與分?jǐn)偠惪睿惶顖蠓峙浔砑吧陥蟊怼?/p>
�。�2）計算鄭州、合肥兩家分公司的分配比例。
鄭州分公司分配比例＝260÷（260＋120）×0.35＋130÷（130＋90）×0.35＋300÷（300＋400）×0.3＝57.49%
合肥分公司分配比例＝120÷（260＋120）×0.35＋90÷（130＋90）×0.35＋400÷（300＋400）×0.3＝42.51%
�。�3）填報《匯總納稅分支機(jī)構(gòu)所得稅分配表》（見表一）
2.各分支機(jī)構(gòu)分別填報分支機(jī)構(gòu)年度納稅申報表并就地納稅。
（1）鄭州分公司填報的年度納稅申報表。
在2013分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅年度納稅申報（A類）第30行“總機(jī)構(gòu)已撤銷分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偹枚愵~”填寫“50”，31行“分支機(jī)構(gòu)分配比例”填寫57.49%，“分支機(jī)構(gòu)分配稅額”填寫28.745.
（2）合肥分公司填報的年度納稅申報表。
在2013分支機(jī)構(gòu)企業(yè)所得稅年度納稅申報（A類）第30行“總機(jī)構(gòu)已撤銷分支機(jī)構(gòu)應(yīng)分?jǐn)偹枚愵~”填寫“50”，32行“分支機(jī)構(gòu)分配比例”填寫42.51%，“分支機(jī)構(gòu)分配稅額”填寫21.255.
A企業(yè)2013年匯算清繳由總機(jī)構(gòu)申報納稅50萬元，鄭州分公司申報納稅28.745萬元，合肥分公司申報納稅21.255萬元，并分別就地繳納。
如果將上述案例改為A企業(yè)匯算清繳應(yīng)退稅100萬元，其他條件不變。A企業(yè)2013年匯算清繳年度納稅申報的填報方法相同，由總機(jī)構(gòu)申報退稅50萬元，鄭州分公司申報退稅-28.745萬元，合肥分公司申報退稅21.255萬元，并分別就地辦理。
